דרומית מזרחית לעיר העתיקה של יפו, בקצהו של רחוב אבינרי, מסתתרת לה אחת הפינות המרשימות, היפות והציוריות ביותר בתל-אביב יפו. מדובר במתחם הקופטי בלבה כיום של שכונת עג'מי ביפו, בה בולטת הכנסייה עם כיפתו האדומה ובית הארחה הגדול. רובע מצרי שהוקם לפני יותר מ 160 שנה וכיום נטוש לחלוטין.
המתחם הקופטי, חבוי במקצת מדרך המלך של רחוב יפת, לכן בדרך כלל נפקד המקום מביקורי המטיילים בעיר, אך וותיקי יפו יודעים לספר על החשיבות הגדולה של המבנה, הפאר ששררו במקום במחצית המאה ה-19. הקופטים הם הנוצרים האורתודוכסים המצריים, שהחלו את דרכם כבר במאה ה-1 לספירה וזכו להכרה כמוסד כנסייתי נפרד בוועידת כלקדון ב-451. על פי הברית החדשה מצרים היא המקום שבו חסתה משפחתו של ישו בברחם מיהודה מפני הורדוס.
לארץ ישראל הגיעו הקופטים כצליינים במשך מאות בשנים וחלקם התיישב בעיקר בירושלים סביב מתחם הקבר. ריכוז קופטי ביפו החל למעשה בעקבות הכיבוש המצרי של א"י על ידי איברהים פאחה ב 1831, אז פרחה הקהילה הקופטית בארץ ולקה התיישבה בתוך חומות העיר העתיקה של יפו. אותו איברהים פאחה, חראי גם לייסודם של הסאכות והכפרים המצריים שעטפו את יפו בתקופתו, בעיקר כדי להגן על שלטונו.
משסולק ונסוג איברהים פאחה מא"י בלחץ המעצמות ב 1840, סולקו גם הקופטים מהעיר העתיקה של יפו, וחלק מהם החלו להתיישב ולהקים כפר קופטי, דרומית מזרחית לעיר העתיקה. באותם שנים, של סוף המחצית הראשונה של המאה ה-19 החלו כנסיות נוצריות נוספות להקים מתחמי נצרות שונים באיזור, כחלק מהשתלטות והשפעת המעצמות האירופאיות.
כבר במפות המוקדמות של יפו ממחצית המאה ה-19 מזוהה המקום עם כפר מצרי. במפת סקיירינג משנת 1842 צויין האיזור כמושבה מצרית ובמפות של האדמירליות הבריטית משנת 1863 , הוגדר האיזור כמושבה מצרית "כפר של קופטים". כך גם במפת סנדל משנת 1879.
כך, בסביבות 1850 מקימים הקופטים בשכונה הקטנה בו התיישבו מרכז רוחני על שטח גדול ובמוקד כנסייה ובית אכסנייה מסיבי בעל קשתות ורחב ביותר בן 3 קומות, עם גג רעפים. מסביב לאכסנייה ולכנסייה שתלו הקופטים גינה מיוחדת לנוי ולפרי, עם בריכה, מערכת תעלות ובאר גדולה ששימשה להשקיית המתחם. מעל מבנה הכנסייה, הוצבה כיפה אדומה הבולטת עד היום , ובתוכה איקונוסטאזיס מעוטר בדמויות מהעולם הנוצרי כמו ישו, מרים הבתולה וקדושים נוצרים נוספים. מתקרת האולם נתלתה נברשת מפוארת שהובאה מיוון. את המבנה הכנסייתי קראו על שמו של אנטוניוס הגדול. נזיר מצרי מהמאה ה-3 , ממייסדי הכנסייה הקופטית ונחשב קדוש גם על ידי הכנסייה הקתולית והאורתודוכסית. (ה-17 בינואר הוא חג נוצרי חשוב לזכרו).
הגן, הכנסייה ובית הארחה הפכו עד מהרה למוקד הקהילה הקופטית של יפו, גם בשל המראה המרהיב של המתחם. צליינים קופטיים רבים שהגיעו לירושלים דרך נמל יפו, עשו את לילותיהם הראשונים בבית הארחה זה. מאז הקמת מדינת ישראל חדלו הקופטים להגיע למתחם, אחרים נטשו וברחבו במהלך מלחמת העצמאות והמקום הלך והתדרדר.
כיום המתחם הקופטי היפיפייה הזה נטוש לחלוטין. הכנסייה ובית הארחה וכן שורת בתים נוספת בתוך המתחם נמצאים במצה של התפוררות. עד לפני שנים אחדות גר במקום נזיר קופטי ישיש לבדו. מידי פעם זוכה המקום לעדנה כשמשפחות קופטיות ישראליות, בעיקר מלוד ורמלה באות למקום לקיים חתונות דתיות., או קבוצות מטיילים המגיעות לסיורים בשכונת עג'מי, זוכרות לפקוד גם מקום מרהיב זה, המצפה לתחיתו המחודשת.